我國的科技發展組織體系，可分為推動機構、執行機構與以及審議與管考三大部分，以下分項概述。
一、推動機構
科技會報辦公室前身是成立於民國68年的科技顧問組，主要負責研擬政府整體科技施政目標、分析全球科技發展，以及重點領域策略布局等工作。民國101年正式改組為行政院科技會報，定期審議國家的科技願景及前瞻藍圖，訂定政府施政目標，並與科技部密切合作，配合每四年一次的全國科技會議，協助制定國家科學技術發展計畫。在組織定位上，科技會報為行政院院長之科技決策幕僚，也是跨部會協調與科技政策智庫的整合平台。
科技部前身是成立於民國48年的行政院國家科學委員會(國科會)，其職責是為政府推動科學技術發展，具體任務有三項：推動全國整體科技發展、支援學術研究，以及發展科學工業園區。民國103年國科會改制為科技部之後，更加注重學術成果與產業面的結合，並進一步營造創新創業的環境，藉由強化科技原創實力提升學術與產業的國際競爭力。科技部之權責包括：規劃國家科技發展政策與計畫、科技預算之審議、推動基礎及應用科技研究、發展科學工業園區，以及其它有關科技發展的事項。
二、政策制定
政府透過各項重要會議凝聚共識以擬訂科技政策方向，包括：全國科學技術會議、行政院產業科技策略會議、行政院科技顧問會議、科學技術發展諮議會議，以及全國產業發展會議等，以下簡略介紹上述五個重要的決策會議。
- 全國科學技術會議：自民國67年首次召開，於民國88年「科學技術基本法」制定之後取得法源依據，正式規定每四年召開1次，並將會議定位為國內科技政策討論與制訂的重要平台，目前總計召開9次。會議擬定的「國家科學技術發展計畫」，經行政院核定後成為政府相關部門推動科技發展的主要參照。
- 行政院產業科技策略會議：行政院自民國 81 年及 86 年起，分別召開11次「電子、資訊與電信策略會議」及5次「生物技術產業策略會議」，之後為使會議議題更具彈性且符合產業發展現況，自民國91年起將兩項會議整合成「行政院產業科技策略會議」，至民國104年總計召開15次。會議目標是：依據國家總體產業科技發展之需求，每年選定重點科技產業做為議題，廣納各方專業人士的建言。
- 行政院科技顧問會議：行政院科技顧問會議自民國69年起每年舉辦，至民國100年共召開31次。會議旨在針對國家科技發展規劃與科技業務推動進行討論，行政院院長聽取科技顧問提供之建議，並納入國家科技施政重點。
- 科學技術發展諮議會議：為了建立科學技術發展策略與重大科技研發計畫諮詢機制，國科會於民國101年發布「科學技術發展諮議會設置要點」並於同年8月召開第一次科學技術發展諮議會議，選取重點議題進行專題報告，至民國104年共計召開3次。
- 全國產業發展會議：政府將以往每三年召開1次的「全國工業發展會議」及「全國商業發展會議」整合為一，於民國101年12月召開第一屆「全國產業發展會議」。會議以「產業結構優化轉型，再造經濟成長引擎」為主題，並劃分六項分組議題做為產業發展之策略與具體作法，包括：新興產業加速推動、製造業服務化、傳產業特色化、服務業科技化、服務業國際化，以及提升出口競爭力。
三、執行機構
- 各部會署：將研究成果從理論落實到應用領域，進而開發新的技術，例如經濟部、農委會與環保署等。
- 中研院與大學校院：進行科技發展的基礎研究與先導性應用研究。
- 財團法人機構：執行應用層面的研究與技術研發，例如國家實驗研究院、工業技術研究院與資訊工業策進會。
- 公民營企業：從事產品開發與商品化研發。
四、科技計畫的審議管考
- 法源：依科技部組織法第2條第2款，科技部職掌「政府科技發展計畫之綜合規劃、協調、評量考核及科技預算之審議」。
- 政府科技發展計畫審議：在審議程序的規劃階段，為了收集意見，必須邀請主要部會署召開會議。討論定案並公告之後，申請機關依規定提出中程個案計畫書或年度綱要計畫書送交科技部審查。科技部會邀集官產學研各界專家學者進行計畫審議，分為書面審查及會議審查，依過去執行成效與未來工作內容進行評估，並提出執行及經費建議。審查結果先由科技部彙編，再陳行政院核定，核定之後各主管機關將經費編列於預算書送立法院審查。
- 政府科技發展計畫管考：作業原則上分為行政院管制、主管部會管制及執行機關自行管制：
- 行政院管制計畫：由科技部與科技會報辦公室負責執行管考，接受審查的科技計畫若執行進度與成效落後超過百分之一，或審查專家要求現場查證，便會由科技部組成查證專家小組赴執行機關實地查證。科技部也會在年度結束時辦理績效評估審查，由科技部協同審查委員與科技會報辦公室共同組成查證小組，前往執行單位進行查證，並將審查結果提報行政院辦理獎懲作業。
- 主管部會管制及執行機關自行管制計畫：各主管部會及執行機關必須在國發會政府計畫管理資訊網(GPMnet)上定期填報執行進度，除此之外，年度結束時也要接受績效評估，評估結果將做為年度綱要計畫審議的參考。
- 中央政府科技研發績效：因應立法院與監察院要求，從國科會時期便開始辦理中央政府各部門科技成果績效彙編，內容涵蓋各部會署科技預算執行成效，包括經費運用分配、人力配置以及重要成果產出等。
參考資料：
我國科技政策的規劃主要是透過召開全國科學技術會議制定，政府人員、專家學者與業界人士經過討論形成建議，做為擬訂科技政策與推動科技發展之依據。自民國90年的第六次全國科學技術會議開始，產官學研的會議結論會彙整為「國家科學技術發展計畫」，並報請行政院核定。
一、法源
〈科學技術基本法〉第十條：「政府應考量國家發展方向、社會需求情形及區域均衡發展，每四年訂定國家科學技術發展計畫，做為擬訂科學技術政策與推動科學技術研究發展之依據。國家科學技術發展計畫之訂定，應參酌中央研究院、科學技術研究部門、產業部門及相關社會團體之意見，並經全國科學技術會議討論後，由行政院核定。前項之全國科學技術會議，每四年由行政院召開之。」
二、全國科學技術會議運作機制概述
在第九次(民國102年)之前，全國科學技術會議的執行程序較為制式化。在會議正式召開之前，科技部與其他局處會進行先期規劃，建構主要議題，再根據規劃結果協調相關部會(例如：教育部、內政部與工程委員會等)擔任各議題的主辦機關，主辦機關召開部會署會議之後遴選出學者專家做為議題研究的成員。
然而，第九次全國科學技術會議在議題形成的階段即開始徵詢產官學研多方的建議，召開多場會議進行深入的討論，例如：專家會議、部會工作會議、部會溝通會議與跨部會副首長協調會議，以及地區性的預備會議。經過各界的集思廣益與多次的議題修正，最終達成共識，確立七大目標議題。鎖定議題之後，再委請中央研究院院士領導議題研究團隊，與產官學各界代表一同討論，尋找臺灣目前遭遇之問題的解決方案。
經由上述可知，開放各界專業人士參與科技政策制定的議事模式已經逐漸成為主流，政府不再一手掌控政策研擬的主導權，廣納多方見解的討論機制有助於突顯問題的各個層面，進而訂定適當的因應策略，並促成跨組織的協力合作，共同貫徹會議所揭示的解決方針。
三、全國科學技術會議重點演進
1970年代是科技經濟開始嶄露頭角的時期，當時臺灣的領導階層意識到科技對未來競爭力的影響深遠，因此開始著手規劃科技政策。民國67年與71年，政府分別召開第一次與第二次全國科學技術會議，以重點科技與基礎科學推動和科技人才培育做為施政重心，為臺灣科技的長遠發展打下地基。民國75年與80年則召開第三次與第四次全國科學技術會議，強化高科技研發、科技應用普及化，以及協助民間企業研究發展，著眼於基礎面轉向應用面的過渡。民國85年召開了第五次全國科學技術會議，加強前瞻科技研究、全面邁向高科技發展，並推動政府科技研發機構法人化，至此臺灣的科技水準已逐漸跟上世界主流，成熟科技體制的建立成為當務之急。
第五次全國科學技術會議之後，政策上取得兩項重要進展。首先，在民國86年編纂了第一部「中華民國科技白皮書」，勾勒出科技化國家的願景，民國87年通過「科技化國家推動方案」，制定具體的措施、分工以及時程。接著，民國88年「科學技術基本法」通過立法正式公告實施，確立了政府推動科學技術發展的基本方針與原則，「全國科學技術會議」也自此有了法源依據。
以科學技術基本法為綱領，後續的第六次(民國90年)、第七次(民國94年)與第八次(民國98年)全國科學技術會議依循同一個總目標框架發展具體措施，總目標共有六項：(1)強化知識創新體系、(2)創造產業競爭優勢、(3)增進全民生活品質、(4)促進國家永續發展、(5)提升全民科技水準，以及(6)強化自主國防科技。
雖然第六次、第七次與第八次全國科學技術會議的具體施政方針目的在於解決個別時代所面臨的問題，但由於遵循同一個總目標框架，因此維持著一貫的政策延續性與發展。
民國102年的第九次全國科學技術會議改採解決問題導向的模式，邀請產官學界參與討論，最終規劃出七大主要目標。茲將重點簡述如下：
(一)提升臺灣的學研地位
- 精進學術評鑑制度：重新思考與設計學術評鑑機制，訂定適當、多元化評估指標，並利用資源導引學研機構發展。
- 建立學術型的探索未知及解決問題之機制：除了強調自由探索的研究之外，應賦予學術研究提升科技水準、刺激經濟發展、加強生態保護等重要目標。
- 建立產學合作及利益衝突之規範：擴大產學合作的面向，一方面鼓勵業界參與學研界人才培育，另一方面，與學界共同研究，合作解決產業實務的問題。
(二)做好臺灣的智財布局
- 產業智財布局保護網之形成：建構臺灣產業智財布雷陣，面對國際侵權興訟，協助產業防禦及主動攻擊。
- 發展下一代新興產業之智財布局：推動重點產業前瞻智財布局，促使新興產業鏈各環節發展與智財結合。
- 建立研發成果形成新創事業的機制：建立早期技術育苗補助(Angel Funds)，投入高風險高潛力研發成果。
- 營造智財基礎環境：建立產學研智財教育、營業秘密法修法、創業獎勵機制。
(三)推動臺灣永續發展
- 整合科學評估資訊、建構永續科研能量：透過科研單位將基礎資料轉化為科學評估資訊，應用於永續決策中，完備臺灣永續科學評估支援系統。
- 建立決策評估機制、解決國土利用爭議：兼顧社會公義、經濟發展、環境與生態保育之永續發展前提下，共同合作謀求解決方案，做為政府發展規劃、政策決策、解決國土利用及環境開發爭議案之參考。
- 強化科技創新應用、推動綠色經濟轉型：應以科技研發創新為驅動力，積極協助臺灣的產業轉型，並從中培育相關綠色人才投入，進而擴大綠色就業。
(四)銜接上游學研與下游產業：透過推動宏圖方案、萌芽計畫與國家天使基金等，分別填補研究至發現、發現至技術、技術至新事業發展的缺口。讓各界形成共識並採取行動，發展能因應目前急速變遷的產業創新發展需求，以建立完整的創新生態系統。
(五)推動由上而下的科技計畫
- 調整國家型科技計畫總體規劃與議題徵求之作法：由國家型科技計畫總主持人與執行長負責總體規劃研發重點，總體規劃報告由國科會與行政院科技會報辦公室聘請之國內、外專家審查小組進行審查。
- 強化國家型科技計畫之管理：總主持人或執行長要遴選資深具聲望之專家，近乎全時投入，以便提升管理強度。
- 改進指導小組成員組成及強化機動意見投入機制：重要部會署之首長或副首長為代表部會之委員，專家委員則聘請具實務或研發經驗之國內外學者專家擔任。業界委員則邀請相關產業之公司負責人或重要主管擔任。事先審議績效衡量指標，以供計畫執行績效評量之用。在計畫執行期間，應聽取外在情境分析報告，如發現與立案時之情境有重大不同，即時進行計畫調整。
- 訂定國家型科技計畫退場原則與程序：應設定核心設施之審核及退場計畫，由主管學術處評估核心設施之使用率與服務量是否達成目標，並考量後續實際需求。
- 強化績效評估機制：計畫成立時，即須確認績效評估計畫，按期追蹤，並於總體規劃報告中明訂「績效評估計畫」，主軸計畫之績效成果需與總計畫配合，同時提出退場計畫。
- 調整國家型科技計畫議題形成機制與上中下游連結：議題形成應納入更多元意見，提出不同的選項，並經更長時間的公開討論與辯論。各階段執行計畫之總主持人與共同主持人接棒擔任，由計畫辦公室予以整合。
(六)提升臺灣科技產業創新動能
- 科技預算分配的合理化：預算審議專家組除科技學者外，應納入產官研人士，審議主要產業導向經費和其它經費之間的比重。
- 產官聯盟出題、學研解題的合作方式：推動各部會署與主要產業界工會或廠商籌組各主要產業的產官聯盟，所有為提升經濟而鼓勵科技學生留學或引進人才的計畫，統由產官聯盟負責研擬辦法與審核申請。
- 國際頂尖創投公司的引進：政府遴選委員會與撥款，遴選 5 家國際頂尖創投公司，對每家「臺灣創投基金」各投資符合經濟規模的適當金額。
- 與中國大陸及日本關係連結優勢的運用：盡力消除貿易、投資、引進企業及人才的障礙。全力爭取臺灣產業和中國大陸及世界其他區域合作訂定各種產業標準。
(七)解決臺灣的科技人才危機
- 教育體系多樣化：確立高教分類定位，落實評鑑制度差異化。促進產學交流合作，提升學生的實用技能，縮減產學落差。
- 教育體系引入市場機制：積極推動大學轉型並確立退場機制之運作，提高大學自主性，建立有利院、校之長期發展機制。教師升等標準與薪資結構，應與教學和研究績效適當連結。
- 發展專業訓練與人力加值培訓產業：發展民間中高階人才培訓產業，並建立臺灣為亞太地區人才培訓基地。
- 提高人才吸納之國際競爭力：鬆綁法規，推動具有國際競爭力的制度與環境。加強國際交流，鼓勵公教研人員提升國際化程度。
第十次全國科學技術會議則於民國105年召開，以「智慧、低碳、健康、永續」為主題，在「基礎環境」、「智慧生活」、「經濟發展」三大主軸下，共同討論「創新再造經濟動能」、「堅實智慧生活科技與產業」、「育才競才與多元進路」、「強化科研創新生態體系」四大議題，其發展遠景如下。
(一)創新再造經濟動能
- 創新產業的數位經濟發展模式
- 強化科研成果轉化機制促進創新產業發展
- 健全區域創新系統維繫產業聚落成長動能
- 打造創新創業之友善環境與發展機制
(二)堅實智慧生活科技與產業
- 發展新農業科技提高農產安全
- 推動精準醫療科技，維護國民健康
- 精進防災科技減少災害衝擊
- 發展綠色科技實現低碳永續社會
- 運用智慧感測科技維護環境品質
- 運用資通安全科技保障國民優質生活
(三)育才競才與多元進路
- 培育數位經濟跨領域人才
- 加強產業科技實務人才培訓機制
- 活絡多元出路重振高階科研人才培育
- 國際頂尖人才延攬留用
(四)強化科研創新生態體系
- 強化科技決策支援系統
- 完備促進科技創新發展的法制環境
- 鼓勵原創科技研發，改革學術研發成果評鑑制度
- 加強產學研合作鏈結
三、行動方案
(一)國家型科技計畫
國家型科技計畫是由政府引導投入並長期性支持的重大研發計畫，目的是因應國家重大社會經濟及民生問題的需要。計畫的推動過程涵蓋上中下游及產官學研各界資源的跨部會整合，是臺灣第一優先的整體性方案。自民國87年通過「國家型科技計畫推動要點」以來，臺灣已經推展多項國家型科技計畫，目前仍持續進行的方案有下述三項：
- 智慧電子國家型科技計畫(民國100至105年)
- 生技醫藥國家型科技計畫(民國100年至106年)
- 第二期能源國家型科技計畫(民國103年至107年)
(二)五加二創新產業
為啟動體制改造，激發經濟潛能，並激勵民投資以振興經濟景氣，政府推動五加二創新研發計畫。藉此帶動新投資，透過資金、技術及人才緊密結合，進而連結全球，培養國際級企業。並以在地需求為起點，結合地區優勢及發展條件，發展創新產業聚落，同時達成提升技術水準、活絡地方經濟及創造就業機會等效益。其目的在於配合創新、就業、分配之經濟策略，呼應產業跨世代、跨境、跨領域、跨虛實發展趨勢，擬定驅動台灣下一世代產業成長動能之趨動核心，以達成數位國家、 智慧島嶼、服務業高值化、非核家園及巴黎峰會減碳願景。創新產業如下：
- 亞洲矽谷
- 生技醫藥
- 智慧機械
- 國防產業
- 綠能科技
- 新農業
- 循環經濟
- 半導體
參考資料：